令和7年11月19日に改正された所得税法施行令に伴い、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。令和7年4月1日以後に支払われる通勤手当に遡及適用されるため、改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合に、年末調整で対応が必要となることがあります。このページでは、今回の税制改正に伴い限度額の引き上げに該当し、支給済み課税通勤手当のうち、非課税となる金額を年末調整で調整する方法をご案内します。
目次
通勤非課税限度額 遡及対応の概要
👤遡及対象者
自動車通勤者(交通用具を使用している人)のうち、令和7年4月1日以後に支払われた月毎の非課税通勤費が7,100円以上の従業員
💡賃金規定をもとに対象事業所の実態を確認しましょう！
まずは、対象事業所の賃金規定や実態を確認し、遡及対応が必要な事業所かどうか確認しましょう。
(対応が不要な事例)
- 自動車通勤者のうち、月毎の通勤非課税手当が7,100円以上の従業員がいない
- 非課税限度額を上限として通勤手当を支給している
- 通勤距離に関わらず一律7,100円以下の非課税限度額を設定している
賃金規定や遡及対応についてご不安がある場合は、管轄行政機関へご相談のうえ賃金規定の見直しをおすすめいたします。
遡及対応の流れ
STEP1
▶通勤手当調整補助ツールを活用し、課税通勤手当のうち、非課税対象分として減算する金額を目視で確認します。左側のリストをクリックし、従業員を選択することで、右側にその従業員の給与一覧が表示されます。
STEP2
減算額の確定後、非課税対象分として減算する金額を手入力し、「非課税となる通勤手当」を登録する従業員にチェックを入れ、登録します。複数人分の情報を入力し、一括登録することもできます。
減算額が確定している場合・・・
すでに減算額が確定している場合で、登録人数が少ない場合は、調整入力欄でお一人ずつ入力することも可能です。▶調整入力欄で減算額を一人ずつ入力する
⚠️注意点
通勤手当調整画面には「非課税となる通勤手当」と「内訳」が参考情報として自動表示されますが、あくまでも参考情報です。必ず目視でご確認をお願いいたします。
【自動表示で正しく表示されるケース】
自動車通勤分の通勤手当のみ支給している従業員のうち、月毎の通勤手当を旧非課税限度額の7100円を超えて支給しており、かつ、下記いずれかの条件を満たす場合
- 各月の給与計算時点で、従業員情報に距離が登録されている
- 通勤非課税限度額が旧非課税限度額と一致している場合
【自動表示で正しく表示されないケース】
- 自動車通勤と定期通勤を合算(公共交通機関を併用)して支給している(通勤手当のうち、自動車通勤分の内訳が不明)
など……
※遡及対応の詳細については、管轄行政機関へご相談ください。
操作方法
- 事業所画面のサイドメニュー「計算処理」＞年末調整をクリックし、2025年の年末調整データを開きます。2025年の年末調整データを未作成の場合は、▶新規年末調整データを作成するをご覧ください。
- 年末調整画面に対象者が表示されていない場合は、▶対象者追加アイコンをクリックし、対象者を追加します。
- 「年調入力」をクリックし、▶年調入力画面を開きます。
- 「通勤非課税限度額調整」をクリックすると、通勤手当調整画面が表示されます。
詳細は▶通勤手当調整画面、▶給与一覧、▶通勤手当調整補助ツールをご確認ください。
- 「非課税となる通勤手当」欄に、通勤課税手当のうち、非課税対象分として減算する金額と内訳を入力します。
- 「非課税となる通勤手当」「内訳」を登録する従業員にチェックを入れ、「保存」します。
保存する対象者を通勤手当の計算方法別(計算 / 固定 / 距離)に選択することもできます。
- 調整入力欄の「通勤課税→非課税への調整」欄に「非課税となる通勤手当」として登録した金額が反映していることを確認します。
- 年末調整画面に戻り、▶年末調整計算を実行し、課税計が調整されていることを確認します。
-
▶年末調整計算を確定すると、通勤非課税調整画面の内訳欄の文言が、源泉徴収票簿の下部に表示されます。
通勤手当調整補助ツール
通勤手当調整補助ツールでは、年末調整対象給与期間内の確定済み給与データに含まれる通勤課税、通勤非課税等の参考情報を確認できます。通勤課税から差し引く金額を算出する際に、補助ツールとしてご活用ください。
通勤手当調整画面
- 通勤手当調整画面には、年末調整画面に追加された従業員が表示されます。表示されない場合は、年末調整画面に戻り、▶対象者追加アイコンをクリックし、対象者を追加してください。
- 従業員の通勤手当欄の「計算方法」「距離」は閲覧時点の従業員情報＞手当控除タブ＞通勤手当欄の登録内容を参考として表示します。
- 「非課税となる通勤手当を計算」をクリックすると、各月の給与データに保持されている情報をもとに「非課税となる通勤手当」と「内訳」を参考情報として試算し、自動表示します。ただし、こちらはあくまで補助機能であり、正しく表示されないケースがあるので、必ず目視でご確認をお願いいたします。
【自動表示で正しく表示されないケース】- 自動車通勤と定期通勤を合算(公共交通機関を併用)して支給している(通勤手当のうち、自動車通勤分の内訳が不明)
- 通勤非課税限度額までしか通勤手当を支給していない(通勤課税が発生しない)
給与一覧
データ行をクリックすると、年末調整対象給与期間内の確定済給与データで保持している通勤手当額、計算当時の計算方法・距離が参考情報として表示されます。
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通勤課税額、通勤非課税額
確定済給与データで保持されている通勤課税額、通勤非課税額を表示します。 -
計算方法、距離
給与与計算当時に従業員マスタに登録されていた通勤手当の計算方法(固定・計算・定期)、距離を表示します。
調整入力欄で減算額を一人ずつ入力する
減算額が確定している場合は、調整入力欄でお一人ずつ入力することもできます。
- 「年調入力」をクリックし、▶年調入力画面を開きます。
-
▶本人情報タブの調整入力欄＞「通勤課税→非課税への調整」欄に、課税から非課税に調整する金額を入力します。(課税計から減算する金額をプラス値で入力します)
年の中途の退職者及び、非居住者、死亡退職者において、改正後の非課税限度額を適用することで新たに非課税となる金額があり源泉徴収票を再交付する場合は、「源泉徴収票の摘要欄に「再交付」と記載する」のチェックをONにして保存します。▶通勤手当の非課税限度額改正に伴い退職者源泉徴収票を再発行したい
- 年末調整計算をすることで、通勤課税から非課税に調整した金額が支払金額(課税計)に反映されます。
- 源泉徴収簿の備考欄に記載が必要な場合は▶一部編集機能でご対応ください。
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